Istraživačke skupine Hrvatskog instituta za istraživanje mozga (HIIM) imaju jasnu međunarodnu prepoznatljivost u nekoliko područja neuroznanosti: razvojna neuroanatomija i neurobiologija čovjeka te pionirska istraživanja u području MRI-histološke korelacije ljudskog fetalnog mozga (skupine Kostović i Judaš); novi bitni nalazi o cjeloživotnoj reorganizaciji neuralnih krugova ljudske moždane kore (Petanjek); novi markeri strukturnih promjena u mozgu koji stari (Šimić); fiziologija CSF (Klarica i Orešković); signalne molekule u membrani stanične jezgre (Banfić i Višnjić); genomski pristup individualiziranoj neurofarmakoterapiji (Henigsberg); novi modeli i pristupi primjeni matičnih stanica s potencijalnom terapijskom primjenom (Gajović i Mitrečić). Program HIIM-a nadzire i usmjerava Međunarodni znanstveni savjet sastavljen od uglednih svjetskih znanstvenika, kao što su Pasko Rakic i Nenad Sestan (Yale University), Ronald L. Schnaar (The Johns Hopkins University), Giorgio M. Innocenti i Bengt Winblad (Karolinska Institute, Stockholm), Dick F. Swaab i Harry B. M. Uylings (Free University of Amsterdam), Yehezkel Ben-Ari (INSERM, Marseille), Philippe Evrard (Paris), Roland Pochet (Bruxelles) i Tamas F. Freund (Budimpešta).

U proteklom desetljeću, istraživači Hrvatskog instituta za istraživanje mozga uspješno su dovršili dva FP6 projekta (Neven Henigsberg, Srećko Gajović), tri UKF projekta (Kostović, Banfić, Gajović), tri COST projekta (Gajović, Henigsberg), jedan Fogarty International Research center Award projekt (Banfić) te niz manjih domaćih i bilateralnih projekata. Također, trenutno su glavni istraživači na osam kompetitivnih projekta Hrvatske zaklade za znanost (voditelji: Ivica Kostović, Goran Šimić, Dinko Mitrečić, Mario Vukšić, Zdravko Petanjek, Nives Pećina Šlaus, Melita Šalković Petrišić, Neven Henigsberg).