Znanstveni centar izvrsnosti je znanstvena organizacija ili njezin ustrojbeni dio ili skupina znanstvenika koja po originalnosti, značenju i aktualnosti rezultata svoga znanstvenog rada ide u red najkvalitetnijih organizacija ili skupina u svijetu u svojoj znanstvenoj disciplini.

Centri izvrsnosti okupljaju i umrežavaju najbolje znanstvenike u određenom području na nacionalnoj razini, fokusirane na suvremenu istraživačku temu, koji predstavljaju međunarodno kompetitivnu i prepoznatljivu skupinu po kvaliteti i obimu znanstvene produkcije, sposobnu za efikasnu međunarodnu suradnju i značajan doprinos razvoju znanosti, visokog obrazovanja i gospodarstva na nacionalnoj razini.

Znanstvenu organizaciju ili njezin ustrojbeni dio ili skupinu znanstvenika centrom izvrsnosti proglašava ministar na prijedlog Nacionalnog vijeća za znanost, visoko obrazovanje i tehnološki razvoj, uz suglasnost znanstvene organizacije ili skupine znanstvenika, na temelju vrednovanja sukladno zakonu koji regulira osiguravanje kvalitete u znanosti i visokom obrazovanju te postupka koji obvezno uključuje međunarodnu prosudbu.

Cilj osnivanja znanstvenih centara izvrsnosti je prepoznati i vrednovati istraživače i znanstvena istraživanja koja nose inovativnost, potencijal otkrića, odnosno moguću prekretnicu u znanstvenom istraživanju, a uz to su međunarodno relevantna u smislu kvalitete i vizije te usklađena sa strateškim potrebama i prioritetima Republike Hrvatske, odnosno ciljevima strategije Europa 2020 i Strategije obrazovanja, znanosti i tehnologije.

Znanstveni centri izvrsnosti osnivaju se na razdoblje od pet godina, a na temelju novog vrednovanja status centra može se produžiti za idućih pet godina.